手术入路根据囊肿部位及大小选择。囊肿较小者，可在唇龈沟做切口(直接用CO2激光聚焦按手术要求切开)。囊肿较大，对上颌窦挤压移位者，按上颌窦根治术式治疗(面部皮肤用常规手术切开)。骨壁用CO2激光或Nd∶YAG激光切开囊壁，尽可能保护骨壁。排出囊腔液后如为脓样改变，用抗菌素液(青霉素使用不超过3天，或庆大溶液及甲硝唑液)冲洗窦腔囊腔。清洁囊腔后用CO2激光或Nd∶YAG激光切割囊内壁，注意激光切割囊内壁时应使用低功率激光，不能用原光束功率，否则切割时损伤粘膜下组织。常用功率CO2激光5～10W，Nd∶YAG激光8W～10W。切割囊内壁既要达到术后粘膜分泌抑制，又要对粘膜下组织无损伤。牙周囊肿术中必须同时处理病牙，含牙囊肿术中须仔细找寻囊肿中的牙齿(可在术前拍摄的X线片中判其位置及数目)，予以取出。

术毕囊肿腔内用抗生素液冲洗净。上颌窦根治术应在切除囊肿时并在术腔开一窗孔通下鼻道，以利引流，特别是伴感染者，较小囊肿不必开孔。较大囊肿术毕按解剖层次逐层缝合切口。

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