慢性萎缩性胃炎的症状、体征无特异性，不能作为诊断的依据，因此胃镜检查是目前慢性萎缩性胃炎的主要诊断手段，镜下可表现为粘膜变薄、血管网显露或颗粒不平样增生，但因不同医生会有主观差别，患者萎缩的确诊仍依赖于病理组织学检查。

如果病理活检发现萎缩就可诊断为萎缩性胃炎。但如果未能发现萎缩，也不能轻易排除，因为病变可能呈多灶性分布未能取到。胃镜诊断应包括病变部位、萎缩程度、肠化生及不典型增生的程度。粘膜下血管显露为萎缩性胃炎的特征，可见到红色网状小动脉或毛细血管。

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