儿科是早期设立的科室之一，其前身是妇幼科，最早的妇幼科主任是我国儿科学奠基人之一的陈翠贞教授，后调任上海第一医学院（现在的复旦大学医学院），任儿科医院院长，主持创办了“中华儿科杂志”。鲍兰芬主任历任安徽省儿科学会常委；杨月如主任历任安徽省医学会常委；周名雄原常务副院长现任安徽省医学会常委、安徽省儿科学会副主任委员；茅双根主任现任安徽省儿科学会常委。 　　儿科现有医师29人，护士38人，其中主任医师7人，副主任医师8人，主管护师5人，硕士学位9人，硕士生导师3人。现有病床97张，拥有设备完善的新生儿病房及NICU(30张)、PICU(5张)和小儿哮喘门诊、小儿心血管门诊、“矮小症”门诊、小儿神经康复及儿童保健门诊等。年门诊人次56750，年住院人次4630，年抢救治疗危重病人1246人，抢救成功率99.3%。 　　新生儿重症监护病房(NICU)是省级专科护士培训基地，条件省内一流，年收治危重新生儿1007例，抢救成功率99.2%，治愈好转率98.1%；年抢救各种新生儿呼吸衰竭62例；年气管内滴入肺表面活性物质(PS)防治新生儿呼吸窘迫综合征(NRDS)58例；年应用血凝酶联合机械通气治疗新生儿肺出血36例；在早产儿及危重新生儿中常规开展胃肠外营养(静脉高能营养)；在高危新生儿随访中应用全身运动质量评估方法早期诊断脑性瘫痪。 　　2003年设立“小儿哮喘门诊”，采用“全球哮喘防治的创议(GINA)”方案防治哮喘并进行咨询服务，能进行肺功能测定及哮喘雾化治疗，年治疗小儿喘息性疾病2830例。 　　常规开展小儿神经康复治疗。 　　是安徽省“新农合”重点补贴的小儿重大疾病(先天性心脏病、小儿白血病)首批定点诊治单位。 　　儿科作为皖南医学院儿科学教研室，认真落实皖南医学院教学任务，广播专业医学知识。每年承担皖南医学院儿科学课堂教学任务480学时左右，带教实习医生及实习研究生260人左右，举办各种讲座、学术研讨会及学习班20余次。2004年5月在我院举办“皖南地区儿科学术研讨会”；2006年至2010年连续五年举办“安徽省新生儿学新进展继教班”，授予省级Ⅰ类学分；已建成“儿科学精品课程”及硕士点。