神经外科成立于1956年，已有五十余年的历史。同大学和医院一样，创始者们来自祖国的四面八方，主要有上海和东北的援疆专家组成。在新疆维吾尔自治区率先开展了神经外科手术，一直是自治区神经外科医疗、教学和科研的重要基地。 　　1965年史玉泉教授的硕士研究生臧人和成为我院的第一个专业神经外科医师。在他的带领下，神经外科的前辈们虽身处动乱年代，仍顶着逆流在极其艰苦的条件下创造了非凡的业绩。开展了当时国内所能开展的所有项目，包括：颅脑A超、经皮颈总动脉穿刺造影、Seldinger技术全脑血管造影、气脑造影、脑室造影等。在M.G.Yasargil报道颅内-外动脉搭桥术后6年他们用极其简陋的非同轴单人双目国产显微镜，在厕所旁边不足3平米的小房间内苦练显微外科技术。不久于1976年成功地开展了我国首例颅内—外动脉搭桥术。此项成果获1978年全国科学大会奖，标志着显微外科在中国神经外科领域的正式应用，开创了国内显微神经外科的先河。 　　目前我科有医生17名，其中医院名医一人；主任医师、教授5人；副主任医师、副教授5人；硕士生导师4人；博士2人，硕士11人。每年培养研究生6-10人，同时每年还接受全疆各地的进修医生6-10人，为全疆的神经外科事业培养了大批新生力量。 　　新医大一附院神经外科原有编制床位病床33张，每年手术700余台。2006年搬迁至新住院部大楼后床位扩至70张，住院条件明显改善，住院及手术病人急剧增加。2007年收治病人2500人次，手术1200台次，还有介入诊断和治疗手术300余台次。广泛涉及中枢神经系统各种肿瘤、血管病、先天畸形、发育异常、外伤、感染等，除手术显微镜外，电生理监测仪、神经内镜、术中B超等设备的广泛应用也明显改善了诊断和治疗的效果。 　　以单病种计，我科每年通过内镜经鼻行垂体瘤手术，颅内动脉瘤夹闭术和面肌痉挛、三叉神经痛的微血管减压手术等均超过一百余例；同时中线肿瘤组在治疗窦旁镰旁脑膜瘤、脑室内肿瘤、斜坡肿瘤和脑干肿瘤等方面积累了丰富的经验；后颅窝组在治疗桥脑小脑角肿瘤，岩斜区肿瘤和广泛侵及脑干和脊髓的巨大髓内肿瘤中应用电生理监测技术，取得了良好的效果；血管组近年还积极开展了缺血性脑血管病的治疗，开展了颅内外高流量搭桥、颅内、外动脉内支架、颈动脉内膜剥脱术等高难度手术。 　　在颅底外科方面，全科开展了诸多的颅底手术入路治疗颅底疾患。如：眶颧入路切除颅眶肿瘤，乙状窦前联合入路切除岩斜区肿瘤，天幕上下联合入路切除巨大天幕及松果体区肿瘤，经髁入路夹闭椎动脉、基底动脉动脉瘤，经小脑-延脑裂切除小脑深部及四脑室肿瘤，颅底远外侧入路治疗肿瘤及血管病等。这些入路的开展应用和熟练掌握已使病人的致死率、致残率大大下降，患者的存活率和生存质量大大提高。这些临床工作均填补我区空白，且与国内外水平接近。