胸外科被评为盐城市临床重点专科，该专科开展胸外科手术已近40年。1976年由建湖县著名外科专家沈桂华主任开展第一例食管癌手术，为我院胸外科的创建和发展做了大量工作。随着病人的增加以及学科发展的要求，1995年单独组建胸外科。本地为食管癌、贲门癌高发区，年胃镜检出为800余例，年手术人数300余人，已施行食管贲门癌以及肿瘤手术7000余例。食管癌、贲门癌、肺癌等胸部肿瘤手术在全市达到领先水平，有一套规范的综合治疗措施。2004年由陈云琦副院长率领团队开展了心脏直视手术，如体外循环下双瓣置换术，单瓣置换术、伴肺动脉高压的单瓣、双瓣置换术，先天性心脏病（房间隔、室间隔缺损）矫正术，非体外循环下冠动脉搭桥术，目前已开展一百余例，成功率达98.4％。 　　胸外科在盐城地区有着辉煌的历史，2000年在盐城地区首先开展了“电视胸腔镜下肺大疱切除术”，并获得了盐城市科技进步三等奖，2004年在盐城地区首先开展了“保护胸肌、肋骨小切口进胸手术”，并获得了盐城市科技进步三等奖和盐城市卫生局新技术引进二等奖，2010年“EphA2、E-cad、VEGF在非小细胞肺癌中的表达”获得盐城市卫生局新技术引进二等奖，“胃经食管床颈部食管-胃一层吻合带蒂大网膜包裹治疗胸段食管癌”、“机械食管-胃超胸顶吻合”荣获建湖县科技进步三等奖。近几年又开展了电视胸腔镜下食管癌切除术、肺癌切除术。胸外科诊治水平达到三级医院胸外科水平。