肛肠科是国家“十一五”重点专科和省重点专科，国家重点专科肛瘘协作组副组长单位，是川东北地区成立最早、设备最先进、技术力量最强的肛肠科，集临床、科研、教学于一体。拥有电子肠镜，微波电脑痔疮治疗仪，微电脑高频手术治疗器，多源频谱肛肠治疗仪，结肠灌注水疗仪等价值600余万元的专科临床设备。拥有一个部省共建重点实验中心——肛肠疾病研究所，拥有价值1000余万元的专科实验设备。 　　全科共有医护人员23人，其中教授1名，副教授4名，医学博士1名、硕士6名，硕士生导师3名，在读博士研究生2名，在读硕士研究生1名。四川省中医药管理局学术和技术带头人1名，四川省中医药高级职称评审专家1人，四川省名中医2人，南充市“首届十大名中医”1人，入选教育部“新世纪优秀人才支持计划”1人，获得省杰出青年基金资助1人。专科拥有中华中医药学会肛肠专业委员会常务理事1人、理事2人，中国中西结合学会大肠肛门病专业委员会委员2人，四川省中医药学会肛肠专业委员会副主任委员1人、常委1人，川北医学院学报编委2人。 科室始终以病人为中心，不断开展新技术，除一般常规肛肠疾病的诊治外，高位马蹄型脓肿、高位复杂性肛瘘、环状混合痔、高位直肠息肉、骶前囊肿、直肠阴道瘘等的治疗已成为科室的手术特色，便秘和溃疡性结肠炎的中西医结合治疗已成为专科内科疾病特色治疗的发展方向。 专科目前承担有国家级、部省级和厅局级课题30余项，目前拥有研究经费400余万元。专科负责的科研成果获四川省政府科技进步奖3项，获南充市科技进步奖4项。科室在国家级、省级专业杂志发表科研论文100多篇。科室承担有硕士研究生、大学本专科生、成人教育、进修生和护理本专科学生的教学任务。