复旦大学儿科医院病理科现有Olympus显微镜2台、Leica冰冻切片机1台、Olympus显微摄像仪1台、图像分析仪1台、进口切片机1台、分析天平1台。现开展各种特殊染色如先天性巨结肠的乙酰胆碱酯酶和胃镜活检的HP染色、尸体解剖诊断和脱落细胞学诊断，同时开展免疫组化、原位杂交、图像分析、细胞凋亡的原位检测，服务于临床及科研工作。每年进行临床病理讨论会并协助完成大量的科研工作，如小儿肿瘤的多项国家自然科学基金及卫生部课题和脑缺血缺氧的亚低温的治疗，协助培养研究生数十名。近年来，科内申请并完成卫生部课题“比较基因组杂交在胚胎性肿瘤中的应用”一项，每年发表论文1～2篇，一人当选为全国儿科病理学委员。曾协助完成课题获得上海科技进步奖。