中医科是中建院后最早成立的专业科室，现有医护人员20名，其中主任医师2名，副主任医师5名，博士研究生1名，中级职称2名。常设四个专家门诊及平诊，实行门诊病房全程服务，是豫西南中医及中西医结合的重点临床科研基地。 　　多年来结合现代医学先进科技成果，治疗各种疑难杂症。开展了对肝病、脾胃病、风湿及类风湿、肾病、心脑血管疾病、高脂血症、中风后遗症、脑萎缩及慢性支气管炎、肺气肿、红斑狼疮、硬皮病、肌萎缩及中医妇科、男科、儿科等中医、中西医结合特色的研究与治疗，在我市具领先水平。"南阳市风湿、类风湿中西医结合研究治疗中心"及"南阳市高脂血症中西医结合研究治疗中心"设在本科。科室还特设了肛肠动力学门诊和治疗室，采用中西医结合的先进疗法治疗肛肠疾患。