新生儿中心成立于2008年，下设新生儿重症监护病房及新生儿内科病房，拥有床位100张，医师35名、护士62名。其中正主任医师4名，副主任医师9名，主治医师9名；副主任护师2名，主管护师10名；拥有博士4名，硕士16名，技术力量雄厚。承担首都医科大学、北京护士学校等临床教学任务。 　　新生儿中心内科病房成立于1972年，现有床位60张，该专业人员具有丰富的临床经验，对常见的新生儿感染性疾病、新生儿黄疸、缺氧缺血性脑病、早产等以及遗传代谢病、复杂畸形等的诊治都处于国内领先水平，尤其是率先在国内开展新生儿溶血病的交换输血术，成功救治了大量患儿。 　　新生儿中心重症监护病房（NICU）成立于1990年，现有床位40张，专业技术力量雄厚。开展了胃肠外营养、重力喂养、高频通气、NO吸入、肺表面活性物质的应用、新生儿腹膜透析等先进技术、中心静脉导管技术（PICC）；并开展了危重新生儿病人的镇静、镇痛治疗；综合采用先进的技术治疗极低出生体重儿，提高他们的生存率和生存质量；同时开展外科围术期新生儿监护、治疗，大大提高了各类先天畸形（特别是先天性心脏病/先天消化系统畸形）患儿的救治成功率。全方位提高了新生儿危重病人尤其是极低出生体重儿的监护、抢救水平。 　　新生儿中心于2008年8月新生儿内科病房与新生儿重症监护室（NICU）合并，整合为北京儿童医院新生儿中心。合并后的新生儿中心配有最先进的长颈鹿暖箱39台，为早产及危重新生儿抢救提供了良好条件。中心拥有心电监护仪72台（其中44台为中心监护仪），可进行床边心电、呼吸、氧饱和度、血压等监测，为监测新生儿生命体征提供依据。还可进行畸变耳声发射、脑干测听、床旁摄片、超声心动、经颅多普勒超声、视频脑电图等无创检查及微量血气、血生化、血糖检测、经皮胆红素监测，为危重新生儿抢救及时提供各种信息。NICU每年救治危重新生儿约800例，抢救成功率达99%。新生儿内科病房可开展新生儿换血治疗，治疗新生儿Rh血型不合溶血病等高胆红素血症病人，避免胆红素脑病的发生。 　　新生儿中心主要收治自出生至生后28天的新生儿，常见病包括新生儿黄疸、围产期窒息缺氧、新生儿感染、早产儿以及呼吸衰竭、惊厥、休克、胃肠功能衰竭、新生儿外科术后等危重症。对极低出生体重儿、新生儿呼吸窘迫综合症、胎粪吸入综合症、新生儿持续肺动脉高压、坏死性小肠结肠炎、休克、重症肺炎、败血症等疾病的救治达国内领先水平，对多种先天畸形、遗传代谢病等亦能得到及时诊断。并对出院的早产儿及其它危重新生儿进行随访，监测生长发育情况并给予养护和康复指导。