心理咨询科是由我国著名精神病学家于清汉教授于一九五四年在综合医院中最早创建，担负精神病学临床、教学、科研任务，经历四十多年的发展，已成为集精神遗传学、分子生物学、临床心量学等多学科综合的现代化新学科。 　　心理咨询科室拥有现代化高层次的人才队伍，教授一名；副教授一名，高年资主治医师、讲师两名，临床医生两名。是全军精神病专业委员会、陕西省精神病学专业委员会主任委员所在地。 　　心理咨询科临床开展各种神经官能症（抑郁，焦虑，恐惧，强迫等），精神分裂症，儿童行为异常，失眠，不明原因的消化不良西京医院心理咨询心血管、呼吸系统疾病，慢性疼痛，老年痴呆，厌食症等疾病的诊断与治疗，心理咨询与治疗，多参数无抽搐电痉挛治疗，多媒体人机对话心理测评系统，生物反馈治疗，激光治疗，厌恶治疗，暗示治疗等。与美国斯坦福大学建立了临床和科研合作。