儿科建院时儿科和内科同一病区，称内儿科，至1961年独立建科。1962年，病床达41张。同时儿科门诊增设了诊察室、候诊室。1972年医院恢复后，设病床21张，1974年为解决传染病流行时住院困难问题，设立了隔离病区。1981年，进行专业分组，设新生儿组、心血管组、血液组、呼吸结核组、传染病组及神经组，病床增至52张。1984年，设新生儿病房，病床增至54张。1990年建立儿科实验室。 　　儿科科研课题和成果主要有细胞培养技术研究，建立了呼吸道合胞病毒动物模型。其中“双哌达莫治疗呼吸道合胞病毒肺炎的基础与临床应用”的研究成果，获安徽省1998年科技进步三等奖。目前科研主攻方向是换血治疗新生儿黄疸，先天心脏病的介入疗法。