眼科系医院重点学科，是以白内障、青光眼、角膜病、斜视、弱视、眼部肿瘤、眼表疾病、眼部整容整形等专业为一体的特色科室，曾获中国残疾人联合会残疾人工作先进个人、山东省白内障工作先进单位、菏泽市残疾工作先进个人并获市县级科研成果三项。科室工作和任务：1、负责本地区及周边县地的眼科疾病的诊断治疗，以及眼科临床疾病的研究和医疗保健工作；2、承担济宁医学院临床学生的教学工作，并负责济宁医学院、菏泽医专、菏泽卫校的实习代教工作，以及县镇级。眼科拥有现代化的诊疗设备，在美国进口Storz白内障超声乳化仪，眼科A/B超，日本进口手术显微镜，角膜曲率仪，非接触式眼压计，眼底荧光造影仪，间接眼底镜，同视机、弱视治疗仪，视野计等设备。科室设置：眼科具备多个专业的专家人才组成，如：白内障组，青光眼组，斜视弱视组，眼底病组等。实现了眼科医师专业化。开展眼科疾病的诊断及手术治疗，对复杂的白内障、青光眼、斜视等进行的手术治疗，达到国内先进水平。副主任医师、教授6人，中青年医师均为大学本科，并到北京、山东省人民医院学习深造，并与国内知名专家有密切联系和学术交流，医疗水平达到国内先进。