上海长海医院肛肠外科是以肛肠疾病的诊断与治疗为特色，集医、教、研于一体综合发展的专业化科室。经过几代人的努力，由初建时的肛肠专业小组逐步发展到目前拥有两个半病区，104张床位，以及设备先进、功能完善的结肠镜检查治疗中心和专业肠造口门诊的一体化结直肠肛门外科。目前，全科共有医护人员60人。其中，教授4人，副教授3人，博士后1名，博士9名，硕士5名，专职肠造口治疗师4名。年专科门诊5万余人次，年结肠镜诊治1万余例次，年收治手术病例包括2000余例次，诊疗疾病谱包括结直肠癌、结直肠间质瘤、淋巴瘤、恶性黑色素瘤等少见肿瘤、遗传性大肠癌(家族性腺瘤性息肉病、遗传性非息肉病性大肠癌)、骶前肿瘤、慢性便秘、复杂性肛瘘和痔等结直肠肛门良性疾病，其中结直肠癌手术1500余例，为国内大肠癌手术最多的专科之一。目前，长海医院肛肠外科已形成以结直肠癌早期诊断、手术和多学科治疗；顽固性便秘诊断与外科治疗；家族性息肉病的诊断与外科治疗；重度脱垂性内痔和混合痔的外科治疗；复杂性肛瘘的外科治疗；结直肠良性疾病的结肠镜诊断与治疗；肠造口护理等为主的专业特色，在国内居于领先地位，并在国际上具有一定影响。 　　上海长海医院肛肠外科“以临床推科研，以科研助临床”一直是长海医院肛肠外科坚持的科研方向。形成了以大肠癌的早期诊断-治疗-转移机理的研究体系，特别是近年来针对中低位直肠癌术前新辅助放疗开展一系列基础和临床研究工作，取得丰硕成果。同时也为临床医生如何更合理的选择新辅助放疗病例提供了理论依据。近五年来，肛肠外科共取得军队医疗科技进步二等奖5项、三等奖5项。获国家自然科学基金资助项目6项，军队大肠癌治疗重大攻关项目1项，上海市医疗基金项目6项，包括上海市科委大肠癌治疗重大攻关基金1项，累计金额400余万元。主编和参加编写专著10余部，在国内外发表论文200余篇。 　　上海长海医院肛肠外科每年9月举办大型国际会议“上海长海肛肠外科周”，已连续举办24届，2015年9月将举办第25届“上海长海肛肠外科周”。每次会议均有包括美国、日本、英国、俄罗斯、巴西等国际和国内的专家300-600余人参加，交流经验，切磋技艺，在国内肛肠外科界的标志性会议之一，同时在国际上也具有较大影响力。