福建省肿瘤医院内镜室拥有六套电子内窥镜诊疗主机系统、电子胃镜、电子结肠镜、电子十二指肠镜、电子超声内镜等多根内镜、一套氩气电刀系统（德国ERBE）、一套全自动内窥镜清洗机（法国SOLUPE）和肯格王内镜清冼消毒系统、一台14-C尿素酶呼气检测仪等先进设备。现有医师6名，其中副主任医师2名、主治医师3名、住院医师1名;技师1名。博士1名，硕士3名。开展常规胃镜、结肠镜、十二指肠镜（逆行性胰胆管造影-ERCP）、内镜超声、色素放大内镜、快速无创幽门螺旋杆菌感染检测、无痛内镜等项目检查。 　　福建省肿瘤医院内镜室开展内镜下各种止血、异物取出术、消化道狭窄扩张术、消化道恶性梗阻金属支架置入术、鼻饲管置入术、经皮内镜胃造瘘术（PEG）、息肉摘除术、胃肠道黏膜切除术（EMR）、胃肠道黏膜剥脱术（ESD）、治疗性ERCP十二指肠乳头肌切开术（EST）、鼻胆管引流术ENBD、胆道内引流术ERBD、胆总管结石取石、碎石术、经皮经肝胆道镜（PTCS）、超声内镜引导下穿刺活检（FNA）、内镜-腹腔镜联合治疗消化道肿瘤等。其中消化道恶性梗阻金属支架置入术、经皮内镜胃造瘘术（PEG）、胃肠道黏膜切除术（EMR）、胃肠道黏膜剥脱术（ESD）、治疗性ERCP等消化内镜治疗是科室的优势项目。 　　福建省肿瘤医院内镜室，近5年来在国家级刊物发表论文十余篇，其中SCI收录一篇，省级刊物发表论文二十余篇。科室曾主办国家级、省级医学继续教育项目，完成福建省自然科学基金项目等课题。