昆医附二院胃肠外科于1962年由著名外科专家蓝瑚教授创建，经过几代人的共同努力，在普外领域处于云南省领先地位，在胃肠道疾病、肝、胆、胰、脾、甲状腺、疝疾病的诊疗上享有较高声誉。率先在云南省开展腔镜甲状腺手术、疝手术、胃癌、结直肠癌根治术、胃转流术治疗2型糖尿病。目前拥有床位42张，年收治病人2000余人次，年手术台数近1600台次;入院与出院诊断符合率99.98%，临床与病理符合率100%。我科目前有医师14名，护士22名，其中高级职称2人，副高职称2人，中级职称 6人，初级职称2人，硕士研究生5人，在读博士2人。 　　昆医附二院胃肠外科以胃肠道疾病、肝胆疾病、甲状腺疾病、疝疾病微创手术、胃转流术治疗2型糖尿病以及快速康复外科为主要研究方向。在常规开展的普外疾病诊疗基础上、传统手术上精通甲状腺全切除术，颈根治术，复杂肝内外胆道手术，肝门胆管空肠盆式Y型吻合术，左右肝叶切除术，高位胆管癌根治术，胃癌根治术，食道胃底贲门癌根治术，全胃切除空肠代胃术，结直肠癌的各种根治术，胰腺癌、十二指肠癌及腹壶部癌的胰十二指肠切除术，胃转流术治疗2型糖尿病。现已开展腔镜甲状腺、胃癌、结直肠癌根治术、疝手术数百例，开展肝胆疾病手术数千例。年手术台次由90年代初期的数百台增加到目前的1600余台次。在胃肠道肿瘤、复杂肝内胆道结石的综合治疗、恶性胆道梗阻的治疗、腹部微创外科的手术治疗等方面达到省内外先进水平。