西南医院病理科现为全军临床病理学研究所、全军病理学重点实验室、教育部肿瘤免疫病理学重点实验室，第三军医大学临床病理会诊中心和质控中心，是重庆市和全军病理学专委会主任委员单位、全国病理学专委会候任主委单位。由晏良遂教授等老一辈病理学家创立于上世纪40年代。1978年成为国家首批硕士学位授权学科，1984年成为军队首批博士学位授权学科，2000年由基础医学部病理学教研室与西南医院病理科合并组建为第三军医大学病理学研究所，成为同年获批为基础医学博士后流动站。 　　西南医院病理科集病理学临床、教学和科学研究于一体。临床组织病理诊断病例数达每年5万余例，在神经肿瘤、胃肠道肿瘤、骨肿瘤和软组织肿瘤等临床常见和疑难疾病的诊断和鉴别诊断方面特色和优势明显，并承担来自全国、特别是西南地区的大量疑难病理会诊工作；常年承担学校各层次病理学教学任务3000余学时，在国内最早开展临床病理诊断专业病理学教学实践和研究，先后招收培养了一大批病理学硕士、博士研究生和博士后研究人员；形成了以肿瘤血管生成机制与抗血管生成治疗新药研究为优势、以创伤分子病理及防治新措施研究为特色的重点科研方向。先后主持包括国家973、863、国家重大专项、国家自然科学基金以及重庆市和军队重点项目在内的省部级以上科研课题90余项，获得纵向研究经费6000多万元；发表学术论文600多篇，其中SCI论文100余篇，牵头获得包括国家科技进步一等奖、重庆市自然科学一等奖、中华医学科技一等奖、中国抗癌协会科技一等奖以及军队科技进步一、二等奖等在内的省部级（军队）二等奖以上科技成果18项；建立了免疫组织化学、分子病理诊断、尸体解剖与法医解剖诊断、出生缺陷病理诊断、器官移植免疫病理监测、创伤病理诊断和激光显微切割与组织芯片等临床病理技术平台，拥有生物样本库、肿瘤血管生成、肿瘤干细胞、趋化因子受体功能、手性化合物和纳米药物合成与筛选、模式生物、细胞分选与分析、蛋白质组、生物芯片与测序、内毒素结合蛋白鉴定与功能分析及生物体视学分析等科研技术平台；与美、加、英、法等国在人员互访、共同培养、合作研究等方面建立了良好的国际合作关系。本学科已成为国内临床病理诊断、病理学基础研究和人才培养的重要基地之一。 　　西南医院病理科（研究所）师资力量雄厚、人才梯队合理。目前共有工作人员120余人。主系列人员中，中国科学院院士1人，973项目首席科学家和“长江学者”特聘教授1人，国家杰青1人，中国科协“求是”奖获得者1人，国家有突出贡献中青年专家1人，重庆市“两江学者”1人，军队院校育才奖金、银奖4人次，总后“科技银星”1名，总后优秀教师1名，2人享受政府特殊津贴。目前在位军队三级以上教授2名，教授9名，副教授7名，博士研究生导师5名。形成了以肿瘤和创伤研究为主攻方向的两个团队，其中，“肿瘤干细胞研究团队”获批国家创新团队。　　研究所现任所长卞修武教授、主任医师是中华医学会病理学分会候任主委、全军及重庆市病理学会主委、973首席、“长江学者”、国家杰青基金获得者、“新世纪百千万人才工程”国家级人选、重庆市首批“两江学者”和“百名科技领军人才”。专业特长是神经肿瘤病理诊断。长期致力于病理学教学、病理诊断工作和肿瘤血管生成、肿瘤干细胞研究与抗癌新药开发。先后主持国际合作项目、973、863、“十二五”国家新药创制重大专项、国家自然科学基金重点项目、国家杰出青年基金项目和军队杰出人才基金等项目共28项。发表学术论文近300篇，其中SCI收录的国外期刊发表论文86篇。主编、副主编和参编出版专著、教材15部。以第一完成人获国家科技进步一等奖1项，重庆市自然科学一等奖2项，中华医学科技一等奖、中国抗癌协会科技一等奖和军队科技进步二等奖各1项。获中国科协“求是杰出青年奖”和重庆市“振兴重庆争光贡献奖”。