呼吸内科成立于1980年，先后于1990年，1996年批准成为硕士，博士学位授权学科，担任第二军医大学临床医学院（5，7，8年制）本科生以及硕士和博士研究生的呼吸病学教学工作。历任主任有邓琨教授、叶曜岑教授、罗文侗教授、修清玉教授、李兵教授。现任主任李兵教授，副主任方正副教授。 　　呼吸内科拥有一个优秀的临床，科研和教学团队，现有医师12人，技术人员4人，护理人员20人，其中教授2人，副教授4人，主治医师5人，获博士学位者7人，获硕士学位者4人。目前科室有博士生导师1人，硕士生导师3人，迄今共培养博士及硕士研究生近30余名。近年科室人员有3人次分别入选学校5511人才建设梯队以及上海市科技启明星计划。 　　呼吸内科设有肺功能室，纤维支气管镜室，病原微生物室，可满足独立开展呼吸系统疾病诊断治疗研究的需要。 　　呼吸内科自成立以来，逐渐形成以支气管哮喘、慢性阻塞性肺疾病、肺部肿瘤、肺部感染性疾病、胸膜疾病、呼吸系统的疑难疾病等诊治为主的学科特色，逐步开展了支气管狭窄球囊扩张、气管支架植入、气管支气管内肿瘤电烧、氩气刀切等介入治疗，缓解了晚期肿瘤、结核、外伤所致气道狭窄对患者造成的痛苦。利用纤支镜对大咯血所致窒息和肺不张进行抢救治疗，避免了插管和开胸手术所造成的痛苦。在纤支镜引导下行气管插管术，提高了抢救成功率。近年来，在哮喘和睡眠呼吸暂停综合症治疗的基础研究中处于国内领先地位。 　　呼吸内科近5年来共获国家科技部“重大新药创制”科技重大专项“十一五”、“十二五”课题各1项，国家自然科学基金8项，省部级基金6余项，总金额二千余万元，尤其是“十二五”科技重大专项课题《呼吸道感染性疾病新药临床评价技术平台构建》，获得1800万国家级GCP平台建设项目经费支持以及上海市360万配套经费资助。在国内外核心期刊发表论文100余篇，其中SCI收录论著13篇，影响因子累计40余分，主编、参编著作10余部。研究成果先后获军队科技进步二等奖5项、三等奖4项，上海市科技进步奖三等奖1项。