中医中西医结合科五十年代建立中医科、针灸科；七十年代建立了中医病房和中医研究室。1989年成立中西医结合科，与原中医科分离。2007年两科合并更名为中医、中西医结合科。 　　中医中西医结合科由门诊、病房和研究室组成，集医疗、教学、科研为一体，日门诊量约500人次以上，设有肾脏、消化、内分泌、心血管、皮科、针灸减肥等多个专业特色门诊；近年来，开展了多项中医外治法如冬病夏治、中药帖敷治疗；自主研发的16种院内制剂获得患者的青睐。在编人员35人，其中高级职称10人，中级职称12人；博士生导师2人，硕士生导师2人；有多名成员在全国及地方学会任常务理事、理事、主任委员；任国内外杂志编委，具有一批在国内外有较大影响的专家；在中医寒热辨证本质的研究、中医名词术语英译标准化的研究、五子衍宗丸抗衰老的临床及机理、中医治疗消化系统疾病临床与机理等研究领域属于国际、国内领先水平。 　　中医中西医结合科，分别在1981年和1986年获得教育部首批中西医结合临床硕士、博士培养和学位授权点；是国家中医药管理局中西医结合临床重点学科建设单位、北京市综合医院示范中医科建设单位、国家临床药理基地中医内分泌专业建设单位以及北京大学医学部住院中医和中西医结合专业医师规范化培训组长单位。