肛肠科是长安区医院的特色专业科室，该专科拥有经验丰富的医师团队，拥有近30年肛肠专业的丰富经验，科室技术先进，和北京、天津保持着广泛的技术合作。率先在国内开展结、直肠肿瘤、肛门疾病以及便秘、盆底疾病的诊治。该科通过与全国知名医院合作，开展的低位直肠癌的保肛手术，肛门成形，股薄肌移植术及出口梗阻型便秘的手术治疗，PPH治疗重度脱垂性混合痔手术均属国内先进水平。近几年通过与天津市人民医院，北京市中日友好医院、西安市肛肠病医院合作进行了肛肠科无育、微创技术以及痔上粘膜环切钉合（PPH）技术等重度痔及便秘方面的研究，达到了学科先进水平。该科收费低廉，对低保户、残疾人等均有优惠政策。