小儿呼吸内科下设独立的儿童呼吸专科病房、专科门诊、肺功能室、多抗原室、纤支镜室、一氧化氮检测室。病区开放床位51张；2011年收治的呼吸专科疾病有：儿童哮喘、慢性咳嗽、婴幼儿喘息性疾病、反复呼吸道感染、社区获得性肺炎、特殊病原肺炎、重症肺炎、胸膜炎、先天性肺部疾患、肺部慢性纤维化疾病等近4000人次；1993年开设儿童哮喘之家、儿童慢性咳嗽等特色专科门诊，每年诊治专科患儿近2万人次。1994年开展儿童肺功能检测、过敏原筛查及特异性免疫治疗，已开展的儿童系列肺功能检查有婴幼儿潮气肺功能、儿童支气管激发试验、儿童支气管舒张试验等，每年完成肺功能检查近5000人次，最小年龄46天；每年完成过敏原检测1000多例，特异性免疫治疗30多例。2006年开展了儿童纤支镜检查及支气管肺泡灌洗技术；纤支镜检查1百多例/年，最小年龄5天。科室拥有的肺功能和纤支镜两项特色专科技术、对儿童哮喘、慢性咳嗽、严重呼吸道感染以及先天性肺部疾患的诊治水平具有明显优势。