消化科设有病房、专科门诊、胃镜室和胃肠动力室，引进日本细径胃镜和瑞典高分辩多通道胃肠动力检测系统，设备先进。重点收治和研究儿童急慢性胃炎、消化性溃疡病、胃食管反流、上消化道出血、腹泻病、水电及酸碱平衡紊乱、营养不良及静脉高营养等。尤其对儿童幽门螺杆菌感染及相关性疾病的研究和诊断治疗、急诊胃镜检查、24小时食管ph动态监测、胃电图检查等达国内先进水平。