新生儿监护中心成立于1993年，目前有医护人员21名，其中高级职称4名，承担全市新生儿的救护、指导工作及周边城镇新生儿的转运急救任务，是国内较早开展起院前急救转运，院内急救和重症监护为一体的急诊医疗体系，设有新生儿专科专家门诊，年收治危重新生儿500余人次，拥有整套的德尔格吊臂系统、中央监护系统、高频常频呼吸机及高级辐射暖床和暖箱，开展全静脉营养，换血疗法，肺表面活性物质应用及持续气道正压通气（CPAP），常频通气，高频振荡通气等多种呼吸急救技术，对极低和超低出生体重儿的救治积累了大量经验。现在已成为绍兴地区新生儿疾病的治疗中心，成功抢救的早产儿最小仅为850克。医院每年派送业务骨干到上级医院进修学习并与省儿童医院、上海新华医院、上海复旦大学儿科医院建立了广泛的教学科研协作关系。