新生儿外科成立于1981年，现为江苏省及院级重点临床专科。各种手术及危重急症患儿的救治成功率居全国前列。常规开展各种先天性肛门直肠畸形、先天性巨结肠、肠闭锁、各种先天性十二指肠梗阻、肠重复畸形和美克尔憩室等其它消化道畸形、先天性胆总管囊肿、胆道闭锁、各种良恶性肿瘤以及消化道穿孔、脐膨出、腹裂、急性肠套叠、嵌顿性腹股沟斜疝、胎粪性腹膜炎和其它原因所致的肠梗阻等急腹症的手术。年住院病人近2000人次，年手术量超过1000台次，目前开放床位42张，上述指标均居全国前列。在省内率先开展不开腹经肛门剥离直肠粘膜治疗新生儿先天性巨结肠，手术成功率100%。常规开展应用MMS开发的Solar胃肠动力测量系统进行排便功能障碍婴幼儿的肛门直肠测压检查。2002年为出生仅28天的胸腹联体畸形儿成功实施了分离手术并存活，此为全省首例、且为国内至今联体畸形分离年龄最小并均存活的病例。