感染科是以收治消化系统、呼吸系统、中枢神经系统等感染性疾病为主的科室。现有主要专业技术人员：主任医师1人、副主任医师3人及多名主治医师、主管护理师，其中研究生2人、在读研究生2人。科室现有编制病床48张。每年平均收治病人2500余人。对消化、呼吸、中枢神经等系统感染性疾病、川崎病及相关疾病、发热待查、败血症等的诊治水平在全省处于领先地位。科室同时还负责医院发热门诊患者的诊治工作。 　　在科技兴院的理念指导下，科室完成了《小儿纤维胃镜(超细型)在儿科上消化道疾病的诊治研究》获昆明市科技进步三等奖。参与中国疾病预防控制中心病毒所合作完成《中国病毒性腹泻的病原学和流行病学研究》项目，获2007年中华预防医学会科学技术进步二等奖。