神经内科成立于1975年，历来为医院的重点学科，本学科主要从事中西医结合治疗神经系统疾病及其教学、科研工作，是国家中医临床研究基地单位，国家中医药管理局中西医结合重点学科脑病学组建设单位，新疆中医药管理局中风病重点专病建设学科。 　　神经内科主要研究方向为中西医结合治疗脑血管病以及癫痫、帕金森病周围神经肌肉病等神经系统疾病，长期进行中医药对脑血管病的防治研究，是全国中风研究组成员之一。对中风病的病因病机提出“痰瘀互阻”， 尤其强调对脑动脉硬化这一脑血管的基础疾病进行早期积极干预和中医药特色化防治，并被同行所接受，影响较大。2004年12月建立卒中病房，为第三代卒中病房，标准床位47张(包括NCU4张)，软硬件设备都达到一流水平，在标准化卒中单元基础上突出中医药特色化干预，建立以来取得了明显的临床疗效，受到全国和全疆同行和各族患者的认可。 　　神经内科自2000年建立至今，已具相当规模，现有神经内二科门诊，中风病、头痛及癫痫专病门诊，设置有MRI、螺旋CT、脑电图、肌电图、诱发电位、多导睡眠监测及完整的康复理疗设备，NCU监护室有marquette监护仪5台，除颤起搏监护仪2台，多导心电图机2台，中央监护1套，有神经通道、吞咽功能治疗、语言训练、心理治疗、运动模式再学习、自发神经恢复等康复治疗技术设施，并有针灸、推拿、足浴等特色化康复治疗技术。 　　神经内科现有医护专业技术人员32人，其中正高级职称2人，副高级4人，具有硕士学位10人，硕士导师1人。 　　神经内二科始终坚持以中医特色为主，中西医结合的发展方向，对中风病急性期的动静脉溶栓治疗、早期康复干预具有明显的优势，目前已开展神经介入治疗，在完善全脑血管造影术的基础上加强治疗的手段，正在开展神经心理和神经电生理检测技术，门诊和住院量稳定上升，2007年住院人数达1120人次，门诊量达13000人次。