呼吸内科于1996年确定为呼吸内科病区。数年来，在科主任带领下，经过不断努力，目前具有很强的临床的综合实力，在呼吸内科常见病及疑难病例诊断剂治疗上具有较高的诊疗能力，特别在呼吸内科急重症抢救方面，积累了一定的临床经验，有一支比较完整的中青结合的医疗队伍，每年接受来自全省各地的大量疑难重症呼吸病患者，并接受福州各大地方医院的呼吸疑难危重病人的转诊和会诊。在肺间质纤维化、慢性阻塞性肺病、哮喘病、肺感染性疾病、肺肿瘤、肉芽肿及血管炎性疾病、肺泡微石症、肺淋巴管肌瘤的诊治方面达到国内先进水平。经纤维支气管镜气管支气管球囊扩张术、运动心肺功能、机械通气等项技术位居省内先进行列。本科下设普通病房55张、呼吸重症监护病房（RICU），哮喘专科门诊、肺功能和免疫治疗室、雾化室、呼吸实验室等，拥有国际先进的肺功能仪、呼吸机、心电监护、除颤仪等设备。是省内最早开展气道反应性测定的单位之一。也是省内首家引进盐气溶胶（盐疗）及标准化变应原进行脱敏治疗过敏性哮喘的单位。