济宁医学院附属医院呼吸内科为济宁医学院重点学科，北京呼吸病研究所的协作单位。现有副主任医师4人，主治医师3人，医学硕士3人，均为本科以上学历。姜鲁宁副主任医师为呼吸内科学术带头人。呼吸内科先后承担山东卫生厅及省教委科研课题3项，承担济宁市科委课题12项，并与北京呼吸病研究所共同承担国家十五攻关课题“肺动脉栓塞的防治研究”。在鲁西南率先开展气道反应性测定诊断不典型哮喘，胸腔镜诊治胸膜疾病，经肺导管治疗难治性肺感染，无创通气治疗呼吸衰竭及睡眠呼吸暂停综合征（鼾症），肺肿瘤化疗及肺动脉介入化疗。在机械通气救治呼吸衰竭方面积累了丰富经验，经胸腔镜局部用药治疗难治性良性胸膜疾病的研究达到国内领先水平，获济宁市科技进步二等奖。科研项目氨基胍对哮喘大鼠呼吸力学影响获山东省科委科技进步三等奖，近年来全科共发表学术论文近300篇。医疗设备：设有电子纤支镜、肺功能室及睡眠监测室，配有奥林巴斯电子纤支镜及胸腔镜，德国耶格肺功能仪、澳大利亚无创呼吸机2台，澳大利亚多导睡眠监测仪，日本综合心电监护仪，美国经皮脉氧仪等精密仪器。 　　呼吸内科开展其他项目：肺功能室：肺功能室建于1993年，有主管护师2名，配有德国产耶格牌肺功能仪，可以测定肺通气功能多项指标。在鲁西南地区率先开展气道反应性测定诊断不典型哮喘，已完成检查4000例次，为临床诊断与治疗呼吸系疾病提供了科学依据。电子纤维支气管镜室： 呼吸内科较早在济宁地区开展纤支镜检查术，配有日本产奥林巴斯纤支镜胸腔镜。先后开展了经纤支镜留置肺导管治疗顽固性肺部感染；纤支镜肺泡灌洗治疗肺部感染及诊断双肺弥漫性病变；针吸活检诊断疑难性肺部病变；纤支镜局部应用止血药物治疗顽固性大咯血；经纤支镜局部应用无水酒精、微波烧灼、支架置入术等治疗气管及支气管内良恶性肿瘤；环甲膜穿刺局麻提高纤支镜的应用率及耐受程度等。是鲁西南地区第一家开展应用纤支镜代替胸腔镜的医院，诊治了一些疑难性胸膜病变，经胸腔镜局部用药治疗难治性良性胸膜疾病的研究达国内领先水平。现配有日本产奥林巴斯电子纤支镜，已投入临床应用，病人痛苦小，视野清晰，可达肺内各亚段，肺内病变检出率高，为鲁西南目前最先进的纤支镜。睡眠呼吸监测室：配备澳大利亚产多导睡眠监测仪及多台呼吸机，目前已诊治睡眠呼吸暂停综合症患者近300例。康复中心：与香港尚健医疗器械公司合作，建立了呼吸疾病康复中心，进行常见呼吸疾病诊断和治疗咨询，宣传疾病防治知识，指导病人家庭规范用药，提供峰速仪、肺功能仪、雾化器、制氧机、无创呼吸机等产品，并给予应用指导。