中医科建立于上世纪50年代初，是全国综合性医院最早建立的中医科之一，曾多次受到中央卫生部的嘉奖。目前中医科含中医内科、中医妇科和中医儿科，有名中医1人，主任医师5人，副主任医师6人。博士生导师1人，硕士生导师3人。医学博士学位3人，医学硕士学位2人。同时有近10名扬州大学医学院中医系教授参加中医内科临床诊疗工作。目前中医科以专科专病为支点，门诊诊疗与住院系统治疗互补相辅，临床与科研相结合的模式。开设了中医内科病房，收治肿瘤病、消化病和呼吸病等患者。具有一批中医特色鲜明、临床疗效显著、服务手段多样的团队，已经成为社会影响较大的第一批省级综合（专科）医院示范中医科建设单位。 　　中医科医师参与全院各病区疑难病症的会诊工作，同时担负着对中西医结合专业学生的临床带教工作及科学研究工作。3名专家在国家、省、市中医/中西医结合学术团体中担任学术职务。中医内科医师出版专业学术著作8部，在国家及省级核心期刊发表学术论文近百篇，承担了国家自然基金等国家和部省级科研项目肿瘤、风湿病、病毒性肝炎、脂肪肝、肾病等课题，获扬州市政府科技进步二等奖2项。近年来开展芳香消脂方治疗非酒精性脂肪性肝病的研究。数十年来，中医内科医师积累了丰富的临床经验，在肿瘤、消化系统疾病、呼吸系统疾病、肾脏病、糖尿病及其他疑难病症诊治方面形成了显著的中医特色优势。（1）运用中医药配合放、化疗治疗肿瘤，可以减毒增效、提升机体的免疫力;对手术及放、化疗后的肿瘤患者，运用中医药治疗可以抑制和消灭残留的癌细胞，预防肿瘤复发转移，为西医连续治疗创造条件;而对于晚期肿瘤患者，运用中医药治疗可以改善临床症状，调整机体内环境，提高生活质量。（2）对消化系统疾病之食管炎、慢性乙型病毒性肝炎、消化道溃疡及急、慢性胃炎，在中医理论指导下运用中医药治疗，临床取得很好的疗效。（3）呼吸系统疾病之哮喘、阻塞性肺气肿、肺间质纤维化等运用中西医结合治疗，取得良好疗效。（4）在现代医学保障的前提下，运用辨证论治治疗肾脏病，对患者体征的改善、生化指标的好转，以及延缓起始透析时间、减少透析次数，从而节省有限的医疗资源。（5）开展了中医糖尿病专病门诊，运用辨证论治治疗糖尿病，辅助降糖，对患者体征的改善、生化指标的好转以及防治糖尿病的早期并发症，达到综合调理的目的。（6）中医妇科尤精于对月经病、不孕症、盆腔炎、先兆流产、药物流产后持续出血、黄褐斑等病治疗及妇科手术后、产后调理。并开展中医妇科不孕症门诊，提倡采用辨证与辨病相结合，以中为主，中西互补，调经种子，取得良效。（7）中医儿科历经50余年在治疗小儿常见病、多发病积累了丰富临床经验。中医儿科现有副主任医师 1人，对小儿感冒、高热、厌食、小儿发疹性传染病、咳嗽、咳喘、肾炎、过敏性疾病、咽炎等疗效满意。 　　中医科在传承中医前辈经验的基础上，结合各种先进仪器的检查，注重提高中医内科的诊治水平，形成了新的中西医结合优势，秉承优良传统，长期坚持以病人为中心的服务宗旨，在真情服务中不断提高病人满意率。