消化科是扬州地区最早建立的专科之一,至今已有40余年的历史。目前由两个消化病区、专家专科门诊部、消化内镜中心和消化病研究室四部份组成,拥有主任、副主任医师9人,教授、副教授6人,博士4人,硕士10人,硕士生导师3人,博士生导师1人。先后成为江苏省临床重点专科、国家新药药物临床试验机构专业科室以及国家卫生部内镜专业消化科培训基地。每年胃肠镜检查人数达1.5万人次以上,年出院人数位居江苏省众多消化专科之首。电子胃镜、肠镜、超声内镜、内镜下高频电息肉圈套摘除术、异物取出术、食管狭窄扩张及支架置入术、食管静脉曲张硬化剂注射术、ERCP等10多项技术在苏中地区处于领先水平。临床和科研主攻方向为消化道恶性肿瘤、肝硬化和各种慢性肝病、内窥镜诊疗、重症胰腺炎、胃肠动力等。自建科以来先后接收了扬州及周边地区40多家医院的150多名消化专科进修医师的培训工作。