呼吸内科创建于1954年，1994年成立了“南京呼吸疾病研究所”，是江苏省临床重点专科、南京市医学重点专科、江苏省“135工程”医学重点学科合作单位、卫生部呼吸内科专科医师规范化培训基地、国家药物临床试验机构、江苏省呼吸内科进修基地。 　　呼吸内科是全国最早开展间质性肺病研究的单位，在肺间质疾病的基础和临床研究方面一直位居国内先列，多次组织举办国家级继续医学教育“弥漫性间质性肺病诊治进展”学习班，获国家自然资金项目2项，省市科技成果奖8项。 　　呼吸内科特色医疗： 　　1、间质性肺病诊治与研究：早在1964年即在国内率先开展间质性肺病研究，1979年在国内首先开展了经支气管镜肺活检术，使全国肺弥漫性疾病的诊治水平明显提高。近年来在肺纤维化的病因学与治疗和罕见病的诊断方面又有了新的进展。 　　2、经支气管镜诊断和治疗：系列开展经支气管镜肺活检、支气管肺泡灌洗术、经支气管镜针吸活检、经支气管镜电凝、经支气管镜腔内支架放置术等，有高超的诊治水平和安全性。 　　3、睡眠呼吸障碍研究：应用多导睡眠图监测和诊断睡眠呼吸暂停综合征，开展睡眠呼吸暂停综合征患者睡眠结构、夜间脑血流变化，以及CPAP或BiPAP以及射频消融治疗等系列研究。 　　4、在急慢性呼吸衰竭、支气管哮喘、慢性阻塞性肺病、支气管肺癌、肺部感染等疾病的诊治方面均具有先进的理念和较完善的诊治体系。