北京胸科医院病理科主要承担医院的医疗（病理诊断）、教学及科研工作。截止到2013年1月，完成临床各种病理活检诊断70000余例，肿瘤脱落细胞学病理检查40余万例次，肺癌痰细胞学阳性诊断率达到60~70%，大部分肺癌患者术前得到明确诊断，且分型准确。在诊断及鉴别诊断中，开展了组织化学、免疫组织化学、分子病理学、电子显微镜等辅助诊断方法，使病理诊断的准确性达到新的水平。特别在肺部肿瘤、纵隔肿瘤、胸膜肿瘤、肿瘤细胞学及结核病的诊断与鉴别诊断方面有专业特长，居国内先进水平。 　　北京胸科医院病理科近五年来迅速发展。现有职工18人，主任医师1人，副研究员3人，主治医师8人，有博士或硕士学位6人，初中级技术人员5人。赴美国M.D.Anderson癌症中心病理科研修1人。经整体化装修、扩建，布局合理，实验室设施齐全，使用面积近500平米的现代化病理科已具规模。现已购置激光共聚焦显微镜，显微切割系统，基因测序仪，实时荧光定量PCR仪，荧光显微镜等先进仪器，为临床病理、分子病理诊断、科研、教学创造了条件。 　　北京胸科医院病理科院外疑难病理会诊10000余例，为全国各种培训班授课多次。参与编写《临床结核病学》、《结核病学》及译著等著作10余部。参加病理技术比赛获奖多项。已开展EGFR等基因突变的检测工作，为临床肺癌个体化治疗提供依据。 　　北京胸科医院病理科在科研和教学工作中，共获得市级及局级科技成果奖10项，公开发表论文60余篇，参与写作发表文章200余篇，培养病理专业研究生5名，协助其它科室培养研究生15名。