内蒙古自治区综合疾病预防控制中心是根据内蒙古自治区卫生计生委的总体要求，在内蒙古疾病预防控制中心、内蒙古地方病防治研究中心和内蒙古结核病防治所的基础上，于2013年合并组建成立，是直属自治区卫生计生委领导的副厅级公益性事业单位。 中心内设党群办公室、实验中心等8个处所机构，设科级机构45个。核定编制337人，其中专业技术人员287人。博士和硕士研究生人数占比达30%以上。 中心主要承担全区传染性疾病、慢性非传染性疾病、地方病、病媒生物传播疾病等预防与控制;突发公共卫生事件应急处置和疫情报告;职业卫生、放射卫生、食品卫生和环境卫生等健康危害因素的监测与干预及科研、教学、培训、技术指导等工作。 中心成立以来，不断提升装备、改造完善基础设施。中心现有二级生物安全实验室6个，PCR实验室3个，设有理化实验室、微生物实验室、艾滋病确证实验室、麻疹实验室、脊髓灰质炎实验室、传染病检测实验室、卫生毒理实验室、消毒杀虫实验室、二级清洁动物实验室等。检测仪器设备包括基因测序仪、液相色谱质谱联用仪、飞行时间质谱仪、全自动微生物快速鉴定系统、核酸提取仪等先进精密仪器。中心先后通过计量认证项目1030项，可开展水质检测106项，平均每年通过世界卫生组织（WHO）、中国疾控中心组织的能力验证、考核项目达40项，优秀率达95%以上。近五年来，中心共发表论文300余篇，其中SCI收录9篇，核心期刊256篇。