中山医院（总部）占地面积约5.7万平方米，建筑面积约17.1万平方米。医院现有编制床位2500张，拥有教职员工2980人，其中副高以上专家604名，硕士及博士630名，硕士生导师和博士生导师79名。医院设有38个临床学科、10个医技科室、2个分部、5个社区卫生服务中心；目前拥有2个国家临床重点专科：消化内科、心内科；10个福建省临床重点专科：消化内科、肝胆胰外科、普外科、胃肠外科、血管外科、乳腺外科、小儿外科、肾内科、康复医学科、皮肤科；4个市领先学科：消化内科、肝胆胰外科、胃肠外科、关节外科；7个市临床重点学科：神经内科、神经外科、血液科、内分泌科、超声科、胸外科、专科护理；5个市医学优势亚专科：嗓音医学、甲状腺疾病诊治、急救重症医学、前列腺疾病诊治、神经血管介入；5个名医工作室：钟南山院士名医工作室、董家鸿院士名医工作室、王坤正主委名医工作室、徐惠绵主委名医工作室。 中山医院拥有福建省慢性肝病肝癌重点实验室、厦门市临床检验中心、厦门市消化疾病诊治中心、厦门大学消化疾病研究所、厦门大学医学院胃肠道肿瘤研究所、厦门市老年疾病康复研究所、厦门大学医学院微生态研究院、厦门大学医学院传染病研究所、厦门大学医学院医学影像研究所、厦门大学医学院嗓音医学研究所、厦门大学医学院骨关节病研究所、厦门市肝胆胰肿瘤转化医学重点实验室、厦门市临床检验重点实验室、厦门市肠道微生态与健康重点实验室、厦门市胃肠肿瘤重点实验室、厦门市核医学分子影像临床转化重点实验室、厦门市肿瘤分子诊断与靶向治疗重大科技平台等重要医学中心和科研平台；是中华医学会消化内镜培训基地、全国健康管理示范基地、国家医疗器械临床试验机构、人体器官移植医院、国家药物临床试验机构、国家住院医师规培基地、中华医学会消化内镜培训中心、中国医师协会神经内镜培训中心、卫生部临床药师培训基地、国家首批普通外科专科医师规范化培训基地、福建省超声医学培训基地。