深静脉血栓的治疗方法有很多，通常采用卧床休息和抬高患肢、抗凝疗法、溶栓治疗、深静脉血栓长期抗凝治疗四种方法。
1.卧床休息和抬高患肢
腿部抬高和初期卧床休息可缓解伴有急性腿部肿胀的深静脉血栓病人的疼痛，建议严格卧床休息1～2周以防止肺栓塞的传统方法遭到了质疑，肺部扫描显示卧床并没有降低肺栓塞的发生率。此外，与卧床相比，早期下床活动可使患者的疼痛和肿胀改善得更快。深静脉血栓患者穿用弹力袜可改善疼痛和肿胀长期穿用，可能会抑制血栓增长并减少血栓后综合征。
2.抗凝疗法
这是深静脉血栓形成现代最主要的治疗方法之一。正确地使用抗凝剂可降低肺栓塞并发率和深静脉血栓形成的后遗症。其作用在于防止已形成的血栓继续滋长和其他部位新血栓的形成，并促使血栓静脉较迅速地再管化。一般急性期使用肝素或低分子肝素，过渡到口服抗凝药物，如华法林，由于华法林与药物或食物相关作用复杂，个体剂量差异大，有出血风险，需要监测，近年来，研制出许多新型口服抗凝药物，如利伐沙班等。利伐沙班极少受药物或食物影响，一般无需检测，使用方便。
3.溶栓治疗
包括系统溶栓和导管接触性溶栓，使用的药物多是尿激酶等。系统溶栓经静脉全身溶栓：通过浅静脉进行全身给药，使药物随血液循环在体内均匀分布，达到溶栓目的。介入溶栓多指保留导管接触性溶栓：又称为CDT。经近端深静脉置管逆行插入肢体远端深静脉，先利用导丝和导管对血管腔内的物理性开通部分解除流出道梗阻，再通过置入溶栓导管使药物与血栓直接接触，将急性期疏松新鲜的血栓溶解，主干静脉及时恢复通畅。有学者认为，导管溶栓治疗髂股静脉血栓比单纯抗凝可改善生活质量。
4.深静脉血栓长期抗凝治疗
深静脉血栓抗凝治疗持续时间仍有争议，长期抗凝有助于减少深静脉血栓的复发以及血栓后综合征。对于简单因素如手术或静止导致的深静脉血栓，抗凝时间需持续3个月，对于特发性深静脉血栓，建议抗凝时间需持续6～12个月。对于恶性肿瘤患者，低分子肝素优于华法林，用药时间为3～6个月。对于首次发作的深静脉血栓，但具有抗凝脂抗体或两项以上血栓形成危险因素，建议抗凝时间需持续至少12个月，而对于有两次深静脉血栓病史的患者，应终身抗凝治疗。

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