胃溃疡主要是由于防御因子的作用减弱、攻击因子的力量相对增强而引起的胃粘膜缺损。而十二指肠溃疡是因为属于攻击因子的胃酸分泌增加所引起十二指肠粘膜缺损。两者在临床上往往容易混淆。

胃溃疡而言，通常在空腹时或餐后30分钟左右开始痛，而十二指肠溃疡则是在空腹时、餐后2到3小时，或是夜间开始痛。十二指肠溃疡以空腹痛或夜间痛更为常见。胃溃疡以呕血较为多见，十二指肠溃疡则以血便更常见。一般来说，应用质子泵抑制剂疗效较好，一般需要连用一个月以上。

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